Core单机编译串行CPMD3.13.2 with Intel MKL10.2.1
因为要在自己的笔记本上测试一些CPMD输入文件，以便更顺利地提交到服务器，所以决定在自己的笔记本上安装CPMD3.13.2。因为原先在多个服务器上成功的编译过CPMD，还写过一些教别人编译的帖子，所以以为不会太难。事实证明这个过程比预想的要艰苦许多。前后花了3个晚上，中间几乎放弃, 所以编译成功以后格外高兴，并且把要点写下面，以便别人参考。
我相信串行版本的编译要比并行的要简单一些，不过编译过CPMD的都知道，问题往往不在串行并行，最困难的是Makefile中LFLAG的配置。CPMD官方Maillist 上关于安装的绝大多数问题被证明是这个LFLAG的配置不正确。这源于不同的硬件，操作系统和编译环境的搭配。LFLAG的主要目的是告诉编译期如何静态或者动态地连接数学库，而数学库则是CPMD类科学计算软件的核心。下面的讨论不是全面的，它并不能提供一个完全的安装指导。因为我本人对编译期和数学库的使用也不是很熟悉，我只是将我在这此编译中的一些要点写下来，为那些摸索中的人提供一点线索。
我的硬件环境：富士通S7211，CPU Core T2390, 2G Mem
软件环境：openSUSE11,1, intelFortran/C++Compiler11.1, MKL10.2
安装过程：
1。 先下载安装 intel FORTRAN compiler编译器；和intel MKL数学库（即LPACK／BLAS，我并不清楚这两个东西的功能和含义，但他们对CPMD的编译至关重要）.
intel FORTRAN compiler是商业软件，所以安装比较简单的：
>./configure
>make install -
然后编辑用户跟目录下的peizhiwenjian.bashrc，设置他们的环境变量，
清一定要阅读上面三个软件包中的 doc目录下的userguide.pdf，查看get started部分，上面详细说明了你要在.bashrc文件中如何source环境变量文件，并且如何添加平台参数。
我在这里添加的分别是：
#Souce of intel FORTRAN and C++, MKL environment variables
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/iccvars.sh ia32
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh ia32
source /opt/intel/mkl/10.2.1.017/tools/environment/mklvars32.sh
2。 然后下载解压CPMD3.13.2的包，进入SOURCE文件夹进行编译；
编译分三步：
(1) 选择平台类型，配置Makefile
> ./config.sh -i
可以查看供选预处理平台类型，选择最接近你的，这里我选择的是PC-IFC-P4. IFC指采用intel fortran编译器ifort (以前叫ifc), then
> ./config.sh PC-IFC-P4 > Makefile
(2) 编辑Makefile，设置LFLAGS，然后
>make
设置LFLAGS这一步最关键。首先，-L后面加MKL路径： /opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/32（不是Compiler下面的MKL库的路径）；
自动生成的LFLAGS几乎没有任何价值，编译总是不通过。提示："can not find -llapack-ifc", 去官方maillist里面搜索，发现使用intel MKL10.2应该将"-llapack-ifc"改成"-lmkl_lapack -lmkl_ia32", 修改后提示"Cannot find -lmkl_ia32"，这下傻眼了，于是一直想搜一个跟我机器和软件配置差不多的LFLAGS用一下，这个尝试花了我大量时间，无一成功。再次说明，不理解那些flag是不行的。
看CPMD手册，强调要有lapack和blas，但是只有-lmkl_lapack -lmkl_blas95是不行的，提示缺少“lapack: undefined reference to `xxx”，maillist上Axel说这是lapack要用的一些子程序没有加进来；有一个提示很关键，说要“link full tree of MKL”，我就尝试把一些MKL库目录 /opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/32下的 .so .a文件的名字按照 -lmkl_xxx的格式加进去，提示错误数开始减少，说明有效，于是不断添加。一般是把libmkl_xxx.a 改成 -lmkl_xxx作为flag；有的文件名不是这个格式，就直接把完整的路径和文件名写下，如
/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/32/libiomp5.a
几乎把全部文件加进去后，还是有一个错误提示不消失，“undefined reference to `pthread_atfork'”；百度之，说要加一个-lpthread，还是不行，再搜，又有人说不是lpthread，而是pthread，一改，居然编译通过。
后来，我又尝试把那些加上去的flag一个个去掉，看看那些是必须的，那些不是。发现的确有一些俄是不必要的。最后的LFLAGS结果件下面：
#--------------- Default Configuration for PC-IFC-P4 ---------------
SRC = .
DEST = .
BIN = .
FFLAGS = -c -w90 -w95 -O2 -pc64 -unroll -tpp7
LFLAGS = -L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/32 -lmkl_lapack -Vaxlib \
-lmkl_blas95 -lmkl_core -lmkl_intel -pthread -lmkl_cdft_core \
-lmkl_gnu_thread -lguide /opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/32/libiomp5.a
CFLAGS = -c -O2 -Wall
CPP = /lib/cpp -P -C -traditional
CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -DFFT_DEFAULT -DLINUX_IFC -DINTEL_MKL
NOOPT_FLAG =
CC = icc
FC = ifort
LD = ifort -i-static
AR = ar
3。 另："libstdc++.so.5 错误
make时曾遇到了如下出错提示："libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory"
网上一搜，这里（https://hi.baidu.com/keepzeal/blog/item/f58a1bde951c0d5ecdbf1a4c.html）提示缺少这个包，安装https://mirror.centos.org/centos/4/os/i386/CentOS/RPMS/compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3.i386.rpm, 安装以后出错提示消失。
Xijun Wang, 2009.09.03 Mt
摇摇摆摆的路@QQ-CPMD Group：
官方手册上的顺序：
<files to link>
-L<MKL path> -I<MKL include>
[-lmkl_lapack95] [-lmkl_blas95]
[cluster components]
[{-lmkl_{intel, intel_ilp64, intel_lp64, intel_sp2dp, gf, gf_ilp64, gf_lp64}]
[-lmkl_{intel_thread, gnu_thread, pgi_thread, sequential}]
[{-lmkl_solver, -lmkl_solver_lp64, -lmkl_solver_ilp64}]
{{[-lmkl_lapack] -lmkl_{ia32, em64t, ipf}},
-lmkl_core}}
[{-liomp5, -lguide}] [-lpthread] [-lm]
此外intel_thread.a 是为并行intel编译器用的 串行应该用sequential.a
修改： 2010.4.7
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