DPDmacs学习笔记之一-安装
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
笔记目录
1. 下载与安装
2. DPD理论
3. DPDmacs模拟
（1）建模与输入文件准备；
（2）模拟参数设定
（3）结果分析
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Introduction
DPDmacs是基于DPD理论（耗散离子动力学）进行大尺度分子模拟的软件之一。
最近打算用它来模拟润滑剂分子的表面扩散行为，因此选择它作为所用软件，一是因为免费，而是因为它与Gromacs非常接近。
我的软硬件配置：AMD64, Ubuntu 9.10 Karmic
> uname -a
Linux xijun-desktop 2.6.31-21-generic #59-Ubuntu SMP Wed Mar 24 07:28:27 UTC 2010 x86_64 GNU/Linux
编译环境： GNU4.4 / intel Compiler, intel MKL
GNU 和intel 编译器均可，但是手册说Intel编译器编译的结果要快10%左右。因此选择intel编译器。
1. 下载与安装
下载：DPDmacs Homepage: https://www.apmaths.uwo.ca/~mkarttu/dpdmacs.shtml
> mkdir dpdmacs
> cd dpdmacs //建立dpdmacs目录并进入
> wget https://www.apmaths.uwo.ca/~mkarttu/downloads/dpdmacs.tar.gz
解压
> tar zxfv dpdmacs.tar.gz
> cd dpdmacs //解压后进入目录
编译
> ./configure
> make
> sudo make install
如果你的编译环境是配置好的，那么安装会很顺利；但是我的安装并不顺利，因为intel编译器和libstdc++.so.5的问题。
（1）Intel 编译器的环境变量配置
下载intel编译器的问题不说了，因为之前我是下载的免费的个人版 l_cproc_p_11.1.046， l_cprof_p_11.1.046，后来听说个人版不再免费了，因此，如何下载要靠网络资源。它的安装非常简单，全部是自动进行的。需要注意的是安装完毕后，要配置环境变量。
> cd //进入用户跟目录
> vi .bashrc //修改.basjrc文件
增加如下几行
#Souce of intel FORTRAN and C++, MKL environment variables
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/10.2.1.017/tools/environment/mklvars64.sh
注意，intel 64表明我的硬件是兼容intel 64的amd64, 还有ia32(32位intel), ia64(64位intel)
根据你的intel编译器版本不一样，建议你参看Realease_note.pdf文件
（2）libstdc++.so.5
如果没有libstdc++.so.5， 安装会提示：
checking for C compiler default output file name... configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
Ubuntu 10.1 Karmic默认是不安装libstdc++.so.5的，因为这个版本太老。
并且不支持sudo apt-get install libstdc++5安装。因此要从这个地方下载：https://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/g/gcc-3.3/
你可以
> wget https://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/g/gcc-3.3/libstdc++5_3.3.6-17ubuntu1_amd64.deb
> sudo dpkg -i libstdc++5_3.3.6-17ubuntu1_amd64.deb
注意我下载的是amd64版本，该目录下有针对不同平台的许多版本，请选择合适的版本下载安装。
全部安装结束后，可在任何目录下直接运行
> dpdmacs
:-) D P D M A C S (-:
(c) Michael Patra
:-) Version 0.9.0 (-:
-f dpdmacs.mdp Input input file with run parameters
-c conf.gro Input initial configuration of the system
-p topol.top Input topology file
-n index.ndx Input index file
-o traj.trr Output generated trajectory
-cc confout.gro Output final configuration of the system
-s topol.tpr Output binary topology file
main (line -1): Cannot open topology file.
说明安装成功。
接下来是下载运行测试例子。（待续）
参考：
1. Ubuntu 9.10的libstdc++.so.5安装， https://www.sci123.cn/archives/436.html
原创：ChemiAndy(xijunw (at) gmail.com) in Montreal，转载请注明出处。
一花一世界@百度空间， 2010.05.06
评论